La diagnosi di celiachia prevede l'anamnesi e l'osservazione obiettiva del paziente, la ricerca di specifici anticorpi ed autoanticorpi nel suo sangue, l'esecuzione del breath test al sorbitolo, l'esame delle feci, e, in ultima analisi, l'esame gold standard: la biopsia duodenale.
Nella fase preliminare il medico cerca di evidenziare i sintomi tipici della celiachia, essenzialmente di origine gastrointestinale ed includono dispepsia, diarrea o stipsi, malessere, flatulenza e distensione addominale, ma in uno stadio avanzato si affiancano malnutrizione: bassa statura nei bambini, ritardo puberale, perdita di peso, anemia da carenza di ferro e folati, deficit vitaminici, osteoporosi ed osteomalacia. Tuttavia questa patologia ha sintomi vari ed eterogenei che possono presentarsi in maniera severa o estremamente sfumata.
Tra i test di prima si valuta il dosaggio ematico di particolari anticorpi ed autoanticorpi, come la transglutaminasi anti-tissutale , gli anticorpi anti-endomisi e gli anticorpi antigliadina .
Se i livelli di questi anticorpi appaiono superiori alla norma, il paziente è probabilmente celiaco e per questo candidabile ad ulteriori esami di accertamento. Pazienti con elevati titoli anticorpali di transglutaminasi anti-tissutale ed anticorpi anti-endomisio hanno una probabilità di oltre il 95% di essere celiaci.
Poi si potrebbe proseguire con il Breath Test al Sorbitolo, un esame diagnostico particolarmente utile in fase di screening della celiachia. Si esegue somministrando al paziente 5 grammi di sorbitolo per poi misurare ad intervalli regolari la concentrazione di idrogeno nell'aria espirata. Se questa aumenta significa che il sorbitolo è sfuggito all'assorbimento nell'intestino tenue ed è stato fermentato dalla flora batterica del colon, con produzione di gas intestinali tra cui appunto l'idrogeno.
Una positività al breath test al sorbitolo indica quindi un problema di malassorbimento intestinale, comune tra i soggetti celiaci ma anche ad altre malattie, ad esempio in caso di insufficienza pancreatica, sindrome da contaminazione batterica del tenue, sindrome dell'intestino corto e morbo di Crohn.
L'esame che lascia minor spazio ad errori metodologici e di interpretazione dei risultati è però la biopsia duodenale. Si tratta di un esame invasivo, eseguito sui soggetti positivi ai precedenti test per ottenere la conferma diagnostica di malattia celiaca.
L'esame si effettua mediante esofagogastroduodenoscopia, durante la quale un lungo e sottile tubicino flessibile viene inserito attraverso la cavità orale e fatto scendere lungo l'esofago fino allo stomaco e al primo tratto dell'intestino. Tale strumento è dotato di una telecamera con fonte luminosa e attraverso il tubicino possono essere fatti scorrere micro-strumenti chirurgici per recedere piccoli campioni della mucosa intestinale, successivamente osservati in laboratorio.