L'ipotiroidismo può essere provocato dal malfunzionamento del sistema immunitario, si presenta come conseguenza della tiroidite di Hashimoto, una patologia infiammatoria autoimmune che determina la produzione di anticorpi, i quali a loro volta impediscono il corretto funzionamento della ghiandola.
Anche la celiachia è caratterizzata da un problema del sistema immunitario, l’organismo produce  anticorpi quando si assimila il glutine. In questo modo si attua un'infiammazione a livello dell'intestino tenue, con il danneggiamento della parete intestinale.
Naturalmente non è possibile affermare che chi soffra di un disturbo autoimmune di un certo tipo automaticamente sarà affetto da tutti i disturbi del sistema immunitario.
Ad oggi però si pensa che tutto possa partire da una base genetica, quindi è possibile che alcune patologie abbiano una radice in comune e che si verifichino insieme, nello stesso paziente.
Per chi è affetto da ridotto funzionamento della ghiandola tiroidea, la presenza di celiachia potrebbe ridurre l'efficacia della terapia farmacologica.
Il trattamento a base di levotiroxina si basa sull'ingestione di una pastiglia, che viene assimilata dall'organismo quando arriva all'intestino. Nel caso di un paziente celiaco, però, l'infiammazione della parete intestinale interferisce con il corretto assorbimento degli alimenti e, di conseguenza, anche della terapia per la tiroide.
In questi casi, individuare la patologia celiaca permetterebbe al medico di prescrivere al paziente una dieta senza glutine, unico approccio per curare questa malattia. Riducendo così l'infiammazione a livello dell'intestino, anche la terapia farmacologica per la tiroide verrebbe assorbita dall'organismo in modo corretto.
Se una dieta gluten-free può migliorare il risultato del trattamento dell'ipotiroidismo, non vale però il contrario: i sintomi della celiachia non subiscono alcuna variazione con una terapia farmacologica a base di levotiroxina. Tuttavia, per i celiaci è comunque fondamentale seguire questo regime alimentare con grande attenzione, indipendentemente dal fatto che soffrano di altri disturbi.

L’associazione tra malattia celiaca e tireopatie autoimmuni si basa su meccanismi immunopatogenetici comuni legati agli aplotipi HLA-B8 e -DR3, che risultano essere più frequenti in questi pazienti rispetto alla popolazione generale. L’associazione più frequente è quella tra celiachia e tiroidite di Hashimoto. Nei soggetti celiaci è necessario monitorare periodicamente la funzionalità tiroidea (FT4 e TSH) e in caso di innalzamento del TSH, valutare il titolo anticorpale anti tireoglobulina (anti-TG), anti-tireoperossidasi (anti-TPO).